Il programma frequent flyer Pegasus Plus offre ai passeggeri l'opportunità di raccogliere punti per i voli effettuati, che possono poi essere convertiti nell'acquisto di biglietti o servizi aggiuntivi sotto forma di bagagli o rinfreschi. La registrazione e la gestione del conto sono gratuite.
Si guadagnerà il 2% dell'importo totale dell'acquisto del biglietto. Ulteriori punti bonus possono essere guadagnati quando si effettua il check-in online. Si guadagnano punti anche per gli altri passeggeri della prenotazione, quindi non è un problema concedersi un pasto caldo gratuito a scelta durante il viaggio di ritorno.