A Pisa c'è un piccolo terminal, che tende a essere congestionato in estate. È quindi bene aspettarsi una maggiore affluenza e code fino a 30 minuti per i controlli di sicurezza. Le distanze dall'ingresso all'uscita dell'aeromobile sono molto brevi.
Hotel economici vicino all'aeroporto di Pisa
Il terminal dell'aeroporto è a un solo livello, con le partenze a destra e gli arrivi a sinistra.
Dopo i controlli di sicurezza si incontra un'area con ristoranti e cancelli per le partenze verso l'area Schengen, poi il controllo passaporti e i cancelli per i voli verso i paesi non Schengen.