L'aeroporto di Giacarta gestisce tre terminal:
- Terminal 1: gestisce solo i voli nazionali di Citilik, Batik Air, Transnusa e alcuni voli Lion Air,
- Terminal 2: gestisce i voli internazionali di Air Asia, Asiana Airlines, Batik Air, Cathay Pacific, Cebu Pacific, Etihad, EVA Air, Malaysia Airlines, Malindo Air, Philippine Airlines, Qantas, Qatar, Royal Brunei, SriLankan e Turkish Airlines, nonché i voli nazionali di Air Asia, Nam Air, Sriwijaya Air e alcuni voli Lion Air,
- Terminal 3: gestisce tutti i voli Garuda (nazionali e internazionali) + i voli internazionali solo di Air China, ANA, China Airlines, China Southern Airlines, Citilink, Emirates, Ethiopian Airlines, Japan Airlines, Jetstar, KLM, Korean Air, Oman Air, Saudia, Scoot, Singapore Airlines, THAI, Vietnam Airlines e Xiamen Air.
Un autobus aeroportuale gratuito e un treno automatizzato collegano i terminal con intervalli di circa 10 minuti.
Poiché è molto probabile che si tratti di una coincidenza tra due voli non consecutivi, si consiglia di lasciare un minimo di 3 ore per le coincidenze.