Chania dispone di un unico terminal, piccolo e dall’aspetto moderno, all’interno del quale è molto facile orientarsi. Le distanze per raggiungere gli aerei sono brevi; durante la stagione estiva, è prevedibile un’affluenza elevata in uno spazio relativamente ridotto.

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Il check-in per i voli da e verso l’area Schengen avviene in una sala comune. I passeggeri vengono separati solo dopo aver superato il controllo di sicurezza congiunto; alcuni gate si trovano oltre il controllo passaporti, mentre altri no.

Sia la sala partenze che quella arrivi si trovano al piano terra.

L’aeroporto chiude tra l’ultimo e il primo arrivo; gli orari di apertura sono solitamente dalle 4:00 a mezzanotte.